Ông sinh năm 1969. Cha mẹ ông là Felipe Millán Guillen và María Teresa Favela de Millán tại Culiacán, Sinaloa, Mexico, Millan lớn lên trong trang trại động với ông mình tại Sinaloa.Nhờ sự giao tiếp rất tự nhiên với các chú chó nên ông được đặt biệt danh el Perrero, "cậu bé chó". Sau đó gia đình ông chuyển tới Mazatlán. Ở tuổi 13, Millan quyết định sẽ trở thành người huấn luyện chó nổi tiếng nhất thế giới.

Millan vượt biên trái phép sang Mỹ năm 21 tuổi, không hề biết nói tiếng Anh, và không có người quen tại đây. Thời gian đầu tại Mỹ, ông làm việc tại một cửa hàng chăm sóc chó. Công việc chủ yếu là chăm sóc những chú chó có biểu hiện hung dữ. Sau đó, Millan mở 1 trung tâm huấn luyện tâm lý chó tại phía Nam Los Angeles chuyên chăm sóc những giống chó lớn.

Millan được định cư hợp pháp tại Mỹ vào năm 2000, và chính thức trở thành công dân hợp pháp của Hợp chủng quốc Hoa Kỳ năm 2009, sống tại Santa Clarita, California. Ông cưới Ilusión Wilson Millan năm 1994 và có hai con trai Andre (sinh năm 1995) và Calvin (sinh năm 2001). Năm 2010, Cesar Millan và vợ ly dị.